Batı Akdeniz ve Ege bölgesinde yetişen yabani ve kültür enginarlarında (Cynara scolymus L.) moleküler karakterizasyon

Abstract

Enginar (Cynara scolymus L.) Asteraceae familyasına dahil olup dünyanın birçok yerinde yabani formuna rastlanmaktadır. Özellikle Akdeniz ülkelerinde ve bazı Amerika ülkelerinde yetiştiriciliği yapılmaktadır. Ülkemizde ise enginar yetiştiriciliği özellikle Ege ve Marmara bölgelerinde yoğunlaşmış olup son yıllarda Akdeniz bölgesinde de artış göstermiştir. Enginar, besleyici özelliğinin yanı sıra tıbbi olarak da insan vücudunun fizyolojik faaliyetlerine de etkide bulunmasıyla büyük öneme sahiptir. Yabani formlarının da tohum açısından insan sağlığına yararları yanında çiçek kısmı süsü bitkisi olarak da kullanılmaktadır. Bu çalışmada Türkiye'nin Batı Akdeniz ve Ege Bölgelerinden toplanan 51 kültür ve yabani enginar (Cynara scolymus L.) genotipinin moleküler analizleri yapılarak genetik çeşitliliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. Moleküler karakterizasyon için iPBS (inter-primer binding site (iPBS) retrotransposons/Primer arası bağlanma yeri) ve SSR (Simple Sequence Repeat/ Basit Tekrarlı Diziler veya Mikrosatelitler) primerleri kullanılmıştır. Genetik kaynakların tanımlanması ve korunması, genetik çeşitliliğinin belirlenmesinde ilk adımı oluşturmaktadır. Morfolojiden gelen bulgular popülasyonların ayırt edilmesinde kullanılıyor olsa da bazı etkenler sebebiyle morfolojik veriler yeterli gelmemektedir. Moleküler belirteç yöntemlerinin kullanılması ile kaydedilen gelişmeler, bitki gruplarının genetik çeşitliliğin belirlenmesinde, korunmasında ve ıslah amaçlı kullanımlarında güçlü yöntemler sağlamıştır. Sonraki yıllarda yapılacak seleksiyon ve ıslah çalışmalarında elde edilen moleküler veriler ana-baba seçiminde yol gösterici olarak ıslah çalışmalarının daha etkili ve daha hızlı ilerlemesine katkı sağlayacaktır. Bu çalışma ile enginar bitkisinin hem genetik kaynaklar yönünden zenginliği belirlenmiş hem de ülkemizde ve dünyada yabani olarak yetişen ve kültürü yapılan genotiplerde yapılan moleküler karakterizasyon çalışmaları sınırlı olduğu için elde edilecek sonuçlar ulusal ve uluslararası düzeyde literatürlere katkıda bulunacaktır. Bu çalışmada Türkiye'nin Batı Akdeniz ve Ege Bölgelerinden toplanan 45 kültür ve yabani enginar (Cynara scolymus L.) genotipinin moleküler analizleri yapılarak genetik çeşitliliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. Moleküler karakterizasyon için iPBS (Primer arası bağlanma yeri) ve SSR (Simple Sequence Repeat/ Basit Tekrarlı Diziler veya Mikrosatelitler) primerleri kullanılmıştır. On iPBS primeri ile yapılan PCR amplifikasyonu sonucunda toplamda 198 adet bant elde edilmiş ve bunlardan 140 tanesi polimorfik olarak skorlanmıştır. Altı SSR primeri ile yapılan PCR sonucunda da toplamda 47 adet bant elde edilmiş ve bütün primerler polimorfik bant vermiştir. Genotipler arasındaki benzerlik indeksi iPBS primerleri ile yapılan analizler sonucunda 0,52 ile 1,00, SSR primerleri ile yapılan analizler sonucunda 0,59 ile 1,00 arasında değiştiği gözlemlenmiştir. Benzerlik indekslerine bağlı olarak elde edilen dendrogramda yabani genotiplerin toplandıkları coğrafi bölgelere veya rakıma göre gruplanmadığı ancak çiçek baş sayısı ve baş iriliğine göre kısmen gruplandığı görülmüştür.