Batı Akdeniz bölgesinde zeytin ağaçlarında görülen pseudomonas savastanoi pv. savastanoi' nin neden olduğu bakteriyel dal kanseri hastalığının yayılışı, etmenin moleküler tanıs, izolatlarının elde edilmesi ve moleküler karaterizasyonu

Abstract

Bu çalışmayla ülkemizde önemli bir tarım ürünü olan zeytin bitkisinde en önemli bakteriyal hastalık olan zeytin dal kanseri hastalığına neden olan Pseudomonas savastanoi pv. savastanof nin mikrobiyolojik açıdan ilk defa detaylı olarak tanımlaması yapılmıştır. Batı Akdeniz Bölgesinde özellikle zeytin bitkisinin yetiştirilmesi bakımından oldukça yüksek potansiyale sahip olan Antalya ili ve ilçelerine (Manavgat, Serik, Aksu, Kaş, Kale, Döşemealtı) yapılan sörveyler ile hastalık yayılış oram belirlenmiştir. Yapılan sörveyler sırasında toplanan hastalıklı bitki materyallerinden hastalık etmeni bakterinin izolasyonu için yarı seçici besi ortamları olan PVF1, King's B ve NSA (Nutrient Sakkaroz Agar) besi ortamları kullanılmış ve 27°C'de inkübasyona bırakılarak P. s. savastanof ye ait koloniler elde edilmiştir. Hastalık etmeninin tanısı ile ilgili olarak NSA ortamında levan oluşumu, oksidaz test, patates testi, arginine dihydrolaz testi ve tütünde hipersensitif reaksiyon testini içeren LOP AT testleri uygulanmıştır. Biyokimyasal testlerle tanısı yapılan hastalık etmeninin patojen|sitesi zeytin bitkisi üzerinde test edilmiştir. Elde edilen bakteriyal izolatlann moleküler düzeyde kesin tanıları ilk defa bu çalışmada dizayn edilen primerler (PSS 1: 5'-TGG GGT GCT ACT TGT ACC GGA -3', PSS 2: 5'-CCG TGT ACT ACG TTC AGC GAG -3', PSS 3: 5'- CAG GAC TTC AGA ACCAC GT -3', PSS 4: 5'- CGG TCG ATG ATG TAG AGC AT -3') kullanılarak sağlanmıştır, u primerler bakterinin patojenisitesi ile ilgili olan IAA (indole-3-acetic acid) ve sitokinin sntezinde görev alan genleri, sırasıyla iaaL (PSS3 ve PSS4) ve ptz (PSS1 ve PSS2) ailerinin nükleotid dizilişlerinden dizayn edilmiştir. Bu çalışmada geliştirilen PCR Sntemiyle patojen bakterinin moleküler olarak kesin tanısı hem P. s. savastanol den elde edilen total genomik DNA' dan hem de direk hücreden sağlanmıştır. Patojenin moleküler karakterizasyonunda bakterinin plazmid içerikleri alkaline lizis öntemi ile tespit edilmiştir. Bunun yanında yine patojen bakterinin moleküler karakterizasyonunda Rep-PCR tekniği ile patojen bakterinin Batı Akdeniz Bölgesinden jplanan izolatlan arasındaki farklılıklar genomik düzeyde ortaya çıkarılmıştır.