Susamda yeni nesil dizileme verileri kullanılarak indel markerkerin geliştirilmesi

Abstract

Moleküler markerler son zamanlarda bitki ıslah programlarının önemli bir parçası haline gelmiştir. Marker destekli yürütülen ıslah çalışmalarında iş gücünü azaltarak daha hassas ve güvenilir sonuçlar elde edilebilmektedir. Günümüzde ıslah çalışmalarında çoğunlukla SNP ve SSR markerler tercih edilmekle birlikte yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılarak geliştirilen InDel (insersiyon-delesyon) markerler de önemli bir alternatif olarak gözükmektedir. Agaroz jelde farklılıkların ortaya konulabilmesini mümkün kılan bu markerler ile temel moleküler gereçlerin bulunduğu her laboratuarda çalışılabilmek mümkündür. Ayrıca yüksek polimorfizm göstermesi ve türler arası transferin mümkün olması InDel markerlerin moleküler destekli seleksiyon, genetik çeşitlilik ve genetik haritalama çalışmalarında oldukça fazla tercih edilmesine neden olmaktadır. Susam ıslah çalışmalarına ivme kazandırılması açısından farklı marker tiplerinin ıslah sürecine kazandırılması oldukça önem taşımaktadır. Bu tez çalışması ile dünyada farklı bölgelerden köken alan 95 susam genotipinin yeni nesil dizileme sonrası elde edilen verileri kullanılarak InDel markerler geliştirilmiştir. Analiz aşamasında referans genomdan farklı olarak 2 bp üzeri 785 bölge belirlenmiş ardından agaroz jelde ayırt edilebilir olan 8 bp üzeri InDel bölgeleri tanımlanmıştır. Belirlenen 86 InDel bölgesinden seçilen 38 tanesi için primer dizaynı yapılmıştır. Geliştirilen tüm markerler bulk DNA'larda beklenen bölgelerde bant verirken seçilen markerler ile 32 genotipten oluşan koleksiyonda genetik çeşitlilik başarılı şekilde ortaya konmuştur. Geliştirilen InDel markerlerin tüm dünyada moleküler temelli susam ıslah çalışmalarına katkıda bulunması beklenmektedir.