Mandalarda (Bubalus bubalis) süt veriminin farklı modellerle genomik ilişki analizi

Abstract

Hayvan ıslahı daha ekonomik ve etkin hayvansal üretimin elde edilebilmesi için gerekli yöntem ve araçları içermektedir. Damızlık değerleri kullanılarak yapılan seleksiyon çalışmaları farklı türlerde önemli derecede genetik ilerlemelere olanak tanımıştır. Genlerin yerlerinin tespiti hayvan ıslahı çalışmalarında genomik seleksiyon veya işaretleyici destekli seleksiyon yöntemi ile ekonomik fayda getirecek şekilde kullanılabilir. Bu çalışmada DNA (Deoksiribo Nükleik Asit) bilgisi kullanılarak süt verimi bakımından ilgili genlerin tahmininde farklı yöntemler incelenmiştir. Bayesçi yöntemler öncül ve olabilirlik bilgilerini kullanarak istenen parametrelerin soncul dağılışları için istatistiksel yorumlamalara olanak tanır. Genomik seleksiyonda: gen etkileri ile ilgili öncüller farklı genomik seleksiyon yöntemlerinin keşfine yol açmıştır. Bu çalışmada analizler için kullanılan veriler: ham veri seti (529 manda, 61793 SNP), çok boyutlu ölçekleme analizi sonucunda seçilen en homojen tabaka (247 manda, 60946 SNP), akrabalığa göre seçilen tabakalar (Akrabalık katsayısı 0.01 için 526 manda 61774 SNP; Akrabalık katsayısı 0.1 için 503 manda 61707 SNP; Akrabalık katsayısı 0.2 için 437 manda 61628 SNP; Akrabalık katsayısı 0.3 için 259 manda 61435 SNP; Akrabalık katsayısı 0.4 için 80 manda 60969 SNP) ve LD (Linkage Disequilibrium-Bağıntı dengesizliği) bakımından düzenlenmiş veri setleri (r2=0.5 için 529 manda 21173 SNP; r2=1 için 529 manda 52417 SNP; varyans inflasyon faktörü (VIF)=1 için 529 manda 177 SNP; VIF=2 için 529 manda 9349 SNP) kullanılarak hem genomik ilişki matrisi yaparak hem genomik ilişki matrisi yapmadan ve başka ön kabülleri modele ekleyen farklı genomik ilişki matrisleri denenerek GEMMA programı ile LMM (Lineer Mixed Model-Doğrusal Karışık Model), BSLMM (Bayesian Sparse Linear Mixed Model-Bayesçi Seyrek Doğrusal Karışık Model) analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler kullanılarak tip1 ve tip2 hatayı engellemek için çoklu karşılaştırma testleri uygulanmıştır. Çıkan sonuçlarda ise süt verimi ile en güçlü ilişkili genomik sinyaller 5 ve 11. kromozomlardan bulunmuştur.