Çeltik beyaz uç nematodu, Aphelenchoides besseyi Christie, 1942 (Aphelenchida: Aphelenchoididae)’nun real-time PCR ile tanısı ve çeltik tohumlarının bulaşma durumunun nicel analizi

Abstract

Çeltik, dünya nüfusunun %50'den fazlası için özellikle de gelişmekte olan ülkelerin temel besin kaynağıdır. Çeltik beyaz uç nematodu, Aphelenchoides besseyi Christie, 1942 çeltikte ekonomik düzeyde verim kaybına neden olmaktadır. European Plant Protection Organization (EPPO/OEPP)'a göre, A. besseyi 1981 yılından beri karantina listesinde bulunmaktadır. Aphelenchoides besseyi tohum kaynaklı bir nematod olduğu için bulaşık olmayan çeltik alanlarına hızla yayılmaktadır. Bu nedenle A. besseyi'nin hızlı ve doğru tanımlanması nematodun kontrolü ve mücadelesi için gereklidir. Bu çalışmada, A. besseyi'nin small subunit rDNA bölgesi kullanılarak bir TaqMan prob geliştirilmiş ve moleküler tanımlaması yapılmıştır. Geliştirilen TaqMan probu tüm A. besseyi popülasyonlarında amplifikasyon eğrisi ve eşik döngüsü (Ct değeri) değerleri vermiş, diğer Aphelenchoides spp. ve diğer bitki paraziti nematodlarında beklendiği gibi amplifikasyon eğrisi oluşturmamıştır. TaqMan probu ile A. besseyi'nin genomik DNA'sının seri dilüsyonları sonucu 0.0005 pg DNA miktarına ve plazmid DNA'sının ise seri dilusyonları sonucu 9.3X101 gen kopya sayısına kadar belirlenebilmiştir. Aphelenchoides besseyi'nin tüm yaşam dönemleri ve DNA izolasyonu yapılmadan A. besseyi bireyleri TaqMan probu ile tespit edilmiştir. Bulaşık çeltik dokularından A. besseyi, TaqMan probu ile başarılı bir şekilde tespit edilmiştir. Ayrıca real-time PCR yöntemiyle, bulaşık çeltik tohumlarında ve kavuzlarında bulunan A. besseyi sayısının tahmin edilebileceği bir skala geliştirilmiştir. Sonuçlar, real-time PCR ile A. besseyi'nin hızlı ve doğru şekilde tanımlanabileceğini ve nicel analizinin yapılabileceğini göstermiştir. Bulgular tohum sertifikasyonunda, karantina uygulamalarında ve ıslah çalışmalarında kullanılabilecektir.