Akdeniz susam kor koleksiyonunda genetik çeşitliliğin ve popülasyon yapısının belirlenmesi

Abstract

Bu tez çalışmasında Asya, Afrika, Avrupa ve Amerika kıtasında yer alan 21 farklı ülkeden toplanan genotiplerin yer aldığı Akdeniz Susam Kor Koleksiyonu yeni nesil dizilime yöntemi ile elde edilen 5292 SNP kullanılarak popülâsyon temelinde analiz edilmiştir. Eldeki bu genetik bilgi ile koleksiyona ait genetik çeşitlilik, popülâsyon yapısı ve filogenetik ilişkiler değerlendirilmiştir. Popülâsyon yapısını belirlemek için STRUCTURE programı kullanılmış, analiz sonucunda dört ayrı kıtadan yer alan genotipler üç ayrı gruba dağıtılmıştır. Moleküler varyans analizi (AMOVA) verileri genetik varyasyonun en fazla popülâsyonlar içindeki bireyler arasında (% 68) olduğunu göstermiştir. Alt popülâsyonlar arasında genetik mesafe (FST) 0.084 değeri ile düşük düzeyde farklılaşma göstermiş ayrıca en düşük ikişerli FST değeri (0.042) Asya ve Amerika gruplarında elde edilmiştir. Filogenetik ağaç TASSEL 5.2.52 programı ile oluşturulmuştur. Popülâsyon içindeki ilişkilerin belirlenmesinde temel koordinat analizi (PCoA) kullanılmıştır. Analiz sonucunda farklı ülkelerden köken alan genotiplerin yer aldığı dört farklı küme elde edilmiştir. Analizler sonucunda Asya ülkelerine ait genotiplerin tüm gruplarda içinde yer aldığı, ülkemiz ve Yunanistan'ın ise aynı grupta bulunduğu belirlenmiş olup bu durum iki ülke arasındaki muhtemel tohum transferini ortaya koymaktadır. Çalışmada analizler sonucu elde edilen moleküler ve sistematik bulguların ileride yapılacak susam çalışmalarına katkı sağlaması beklenmektedir.