Antalya ili örtüaltı alanlarında aşılı fidelerden yetiştirilen patlıcanlarda görülen Verticillium Dahliae Kleb. izolatlarının moleküler yöntemler kullanarak tespit ve tanımlanması

Abstract

Verticillium dahliae kleb. fungusunun sebep olduğu Verticillium solgunluğu patlıcanların en ciddi ve ekonomik yönden önemli hastalıklarından biridir. Hastalığı önlemenin en etkin yolu dayanıklı anaçlar üzerine aşılanmış patlıcan çeşitleri kullanmaktır. Bununla birlikte son yıllarda Antalya bölgesinde aşılı patlıcanlarda hastalığın yoğun olarak görüldüğü ve ciddi kayıplara sebep olduğu gözlemlenmiştir. Bu çalışmada Antalya ilinde yetiştirilen aşılı patlıcanlardan elde edilen V. dahliae izolatlarının populasyon ve bölgedeki yaygın veya muhtemel yeni ırk yapılarının moleküler yöntemler kullanılarak tespit ve tanımlanmasına çalışılmıştır. Bu amaçla Antalya, Alanya, Aksu, Finike, Gazipaşa, Konyaaltı, Kumluca ve Manavgat ilçelerinde 20 farklı yerde 54 seradan hastalıklı bitkilerden örnekler alınmış ve V.dahliae izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen izolatların türe has (species-specific) markör genomik (SSMG) ve ribozomal DNA İntergenik Spacer (IGS) bölgeleri Polymeraze Zincir Reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılarak DNA dizilimleri belirlenmiştir. Aşılı patlıcan izolatları DNA dizilim ve filogenetik analizleri kullanılarak kendi aralarında ve dünyanın diğer bölgelerinden farklı bitkilerden izole edilen ve gen bankasındaki dizilimleri bulunan V. dahliae izolatları ile karşılaştırılmış ve patojenin Antalya bölgesinde yaygın olan populasyon ve ırkları tespit edilmiştir. İzolasyon çalışmalarında hastalık örneklerinin toplandığı Manavgat ilçesi dışındaki ilçelerde bulunan 11 yerde toplam 30 serada V. dahliae tespit edilmiştir. Bu izolatlar 9 farklı anaç ve kalem kombinasyonlarından elde edilmiştir. V.dahliae'nin tespit edildiği 30 seranın her birinden alınan tek bir izolat PCR çoğaltmaları ve DNA dizilimlerini elde etmede kullanılmıştır. Japonyadan getirilen ve domateste ırk1 ve ırk2'yi temsil eden 4 izolatda PCR çoğaltmalarına dahil edilmiştir. Otuz aşılı patlıcan ve 4 domates V.dahliae izolatının bu türe has markör genomik bölgesi DB19/DB22 primer çifti kullanılarak yapılan PCR çogaltmaları beklenen520 ila 550 baz arasında bir PCR ürünü vermişlerdir. IGS bölgesi primer çifti VdIGSFI/VdIGSF2 ile çoğaltılan 10 patlıcan ve 3 domates izolatının PCR çoğaltmalarından ise 1800 ila 2000 baz arasında ürünler elde edilmiştir. V. dahliae'ye has markör gen bölgesi DNA dizilim analizleri 24 patlıcan izolatının 526 ve 6 izolatın ise 542 bazlık farklı bir bir dizilime sahip olarak iki farklı izolat grubunu temsil ettiğini göstermiştir. Grup 1 ve 2 olarak adlandırılan bu izolatlar % 100'lük bir benzerlikle V. dahliae'nin Dünyada bu zamana kadar belirlenen 7 seq grublarından seq2 ve seq4 içinde yer almıştır. Grup 1 izolatları, 2 domates ırk2 ve bir ırk1 ii izolatına %100 benzerken grup 2 izolatları % 98'den az benzemişlerdir. IGS DNA dizilimleride patlıcan izolatlarını A ve B grubu olarak ikiye ayırmıştır. Bu iki grup arasındaki benzerlik % 87 civarında bulunmuştur. A grubundaki izolatlar B grubundakilere kıyasla domates ırk2 izolatlarına daha fazla benzerlik göstermişlerdir (sırasıyla % 95 ve % 79). 30 patlıcan, 4 domates ve gen bankasından 46 farklı bitkiden alınan V. dahliae'ye has genomik markör bölgesinin DNA dizilimleri kullanılarak yapılan analizler patlıcan izolatları içinde birbirinden tamamen farklı iki filogenetik grup bulunduğunu göstermektedir. Özellikle birinci grup içindeki izolatlar domates ırk2 izolatlarına daha yakın grup içine girerken ikinci gruptakiler domates izolatlarından ayrı bir grup içinde yer almışlardır. Dünyanın değişik bölgelerinde değişik bitkilerden alınan 42 genbankası DNA diziliminin dâhil edildiği IGS bölgesi analizleride patlıcan izolatlarının 2 farklı fiogenetik grup içinde yer aldığını göstermiştir. Birinci grupta yer alan izolatlar diğer sebze ve domates ırk2 izolatı ile beraber ikinci grupta yer alanlar ise domates ırk1 ve ırk2 ile tamamen ayrı bir grubun içinde yer almışlardır. V. dahliae domates ırk1'e has primer çifti ile yapılan PCR analizleri 30 patlıcan izolatınında ırk1 olmadığını göstermiştir. Bu tez çalışmanın sonuçları V. dahliae'nin Antalya bölgesinde aşılı patlıcanlarda genetik olarak 2 farklı izolat grubu veya populasyonunun olduğunu ortaya çıkarmıştır. Moleküler analizler her iki grup içindeki izolatlarında ırk1 olmadığını teyit etmiştir. Analizler yine birinci gruptaki izolatların ırk2 olabileceğini 2. gruptakilerin ise yeni farklı bir grubu temsil edebileceğini göstermiştir.