Domates (Solanum lycopersicum L.) bakteriyel öz nekrozu hastalık etmenleri Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea ve Pseudomonas viridiflava’nın LNA probe kullanılarak real-time PCR tanısı ve hastalıklı bitki dokularından tespiti

Abstract

Bu çalışmada domates yetiştiriciliğinde önemli kalite ve ekonomik ürün kayıplarına sebep olan domates öz nekrozu hastalık etmenleri Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea ve Pseudomonas viridiflava'nın LNA (Locked Nucleic Acid) probu kullanılarak Real-Time PCR yöntemi ile hassas ve seçici olarak tanıları ve tespitleri yapılmıştır. Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea ve Pseudomonas viridiflava etmenlerin her birine özel hassas primer ve prob setleri geliştirilmiştir. Geliştirilen primer ve prob setlerinin spesifikliğinin belirlenmesi amacıyla farklı Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea, Pseudomonas viridiflava strainleri ve farklı bitki patojeni bakteriyel izolatlar kullanılmıştır. Farklı bitki patojeni bakterilerin genomlarından hiçbir amplifikasyon tespit edilmemesine rağmen, test edilen tüm yerli ve yabancı Dickeya chrysanthemi strainlerinden 65 bp, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum strainlerinden 63 bp, Pseudomonas cichorii strainlerinden 73 bp, Pseudomonas corrugata strainlerinden 70 bp, Pseudomonas fluorescens strainlerinden 70 bp, Pseudomonas mediterranea strainlerinden 73 bp ve Pseudomonas viridiflava strainlerinden 77 bp'lik amplifikasyonlar elde edilmiştir. Bu çalışmada geliştirilen yöntemin bakteriyel hücre hassasiyet sınırı Dickeya chrysanthemi için 2 hücre, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum için 4 hücre, Pseudomonas cichorii için 4 hücre, Pseudomonas corrugata için 4 hücre, Pseudomonas fluorescens için 5 hücre, Pseudomonas mediterranea için 5 hücre, Pseudomonas viridiflava için 2 hücre olarak tespit edilmiştir. Geliştirilen yöntemin DNA düzeyindeki hasasiyet sınırı ise Dickeya chrysanthemi için 12 pg, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum için 11 pg, Pseudomonas cichorii için 14 pg, Pseudomonas corrugata için 14 pg, Pseudomonas fluorescens için 14 pg, Pseudomonas mediterranea için 13 pg, Pseudomonas viridiflava için 12 pg olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak, Real-Time PCR yöntemini kullanarak her birine özel primer ve prob setleri geliştirilen domates bakteriyel öz nekrozu hastalığına sebep olan 7 farklı bakteriyel patojen; Dickeya chrysanthemi, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas corrugata, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas mediterranea ve Pseudomonas viridiflava'nın hem bakteriyel hücreden hem de hastalıklı bitki dokularından hızlı (17-27 dk) ve hassas bir düzeyde tanı ve tespitlerinin yapılabileceği ortaya çıkarılmıştır.