Domates ve biber bitkilerinde görülen Tomata Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV), Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV) ve Pepino Mosaic Virus (PepMV) hastalık etmenlerine karşı multipleks primer ve prob geliştirilmesi

Abstract

Domates (Solanum lycopersicum) ve biber (Capsicum annuum), dünyada olduğu gibi ülkemizde de insan gıdası olarak çok farklı kullanımları olan ve ülke ekonomisine katkı sağlayan vazgeçilmez sebze türleridir. Virüs hastalıkları domates üretimindeki en önemli sorunlardan biridir. Virüslere karşı kullanılan kimyasal savaş yönteminin uygulanamaması ve diğer kontrol yöntemlerinin üretici firma tarafından bilinmemesi virüs kaynaklı kayıpların artmasına neden olmaktadır. Bu çalışmada, üç önemli bitki virüsünün eş zamanlı tespiti için üç farklı primer-prob çiftine sahip Taqman® prob tabanlı Real-time multiplex PCR yöntemi geliştirilmiştir. Domates ve biberde çok fazla verim kaybına neden olan bu virüsler, Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV), Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV) ve Pepino Mosaic Virus (PepMV)' dir. Yukarıda bahsedilen üç virüsün kılıf protein dizileri, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nden (NCBI) elde edildi ve BLAST gerçekleştirildi. Daha sonra ortak bölgeler belirlenerek Primer3 programı kullanılarak primer ve prob tasarımları yapılmıştır. Yoğun optimizasyon süreçleri gerektiren bir yöntem olan Multiplex qRT-PCR çalışmamızın temel amacı hassas, hızlı ve ekonomik bir yöntem sağlamak olduğu için PCR yönteminin istenilen noktaya ulaşmasını sağlayacak optimum koşullar belirlenerek dilüsyon serileri hazırlanmıştır. Bu hedefler ToBRFV için FAM kanalı, Tswv için HEX kanalı ve Pepmv için Cy5 kanalı seçildi. Multipleks qRT-PCR deneyi, sırasıyla 19.09, 21.89 ve 21.63 Ct değerleriyle başarılı olmuştur.