Batı Akdeniz Bölgesi'nde bulunan Tetranychidae türlerinin morfolojik ve moleküler tanılanması, Tetranychus urticae Koch, 1836 popülasyonları arasındaki genetik farklılıklar ile endosimbiyontların belirlenmesi

Abstract

Antalya, Burdur ve Isparta illerinden 2017-2019 yılları arasında toplanan Tetranychidae familyası türlerinin morfolojik ve moleküler teşhis çalışmaları yapılmıştır. Türkiye'nin çeşitli illerinden toplanan Tetranychus urticae Koch popülasyonlarında genetik polimorfizm ve endosimbiyontların varlığı araştırılmıştır. Morfolojik sistematikte, türlerin Hoyer yöntemiyle preparatları hazırlanmış ve teşhiste kullanılan morfolojik karakterleri fotoğraflandıktan sonra teşhisleri klasik yöntemlerle yapılmıştır. Moleküler sistematik çalışmalarında ise hem tek bireyden hem de popülasyon bazlı çoklu bireylerden elde edilen DNA'lar tüm genom anplifikasyonu aracılığı ile çoğaltılmıştır. Ayrıca, tüm mitokondriyi elde etmek için spesifik primerleri kullanılarak PCR yöntemi ile çoğaltma ve yeni nesil sekanslama kütüphaneleri hazırlanarak genom dizileri elde edilmiştir. Clustal analizde ve filogenetik ağaçta kullanılan ek GenBank dizileri, yine türlerin sekanslarından oluşan BLAST analiz sonuçlarına göre seçilmiştir. COI ve ITS gen bölgesi için MEGA 7 programında sekans temelli filogenetik ağaçlar UPGMA metodu ve ilgili parametreler kullanılarak oluşturulmuştur. Galaxy, MITOS Blastn, MFannot, GeSeq arayüz programlarından ham veri üzerindeki gen noktalarını belirlerken yararlanılmıştır. Çalışma sonucunda, Tetranychidae familyasından, Amphitetranychus viennensis (Zacher, 1920), Eutetranychus orientalis (Klein, 1936), Oligonychus sp., Petrobia harti (Ewing, 1909), Tetranychus urticae (Koch, 1836) ve teşhis edilemeyen diğer Tetranychidae sp. türleri farklı konukçu bitkilerde ve farklı lokasyonlarda tespit edilmiştir. Ek olarak, hem filogenetik ilişkileri çözmek hem de teşhis için etkili bir yöntem olan tüm mitokondriyal genomların sekanslanması (yeni nesil dizileme yöntemi, spesifisik primerlerle PCR ve tüm genom amplifikasyonuyla) ile bulunan bu türlerin tüm mitokondriyal gen bölgesini içeren bilgiler başarılı bir şekilde elde edilmiştir. E. orientalis ve P. harti türlerinde ilk kez tüm mitokondriyal genom dizilim bilgisi elde edilmiştir. Ayrıca, cins düzeyinde teşhisi yapılan Oligonychus cinsine ait bir türün ve Tetranychidae familyasına ait bir diğer türün tüm mitokondrial genom bilgileri derlenmiştir. Tespit edilen bu türlerde üç ayrı program kullanılarak genom anotasyon yapılmıştır. Genom anotasyon sonucunda, E. orientalis türünde ilk defa diğer Tetranychidae familyası türlerinden farklı olan bir gen düzeni bulunmuştur. Toplanılan popülasyonlarda endosimbiyontlardan ise Wolbachia, Cardinium ve Spiroplasma'nın varlığı tespit edilmiştir.