Pulsed - field jel elektroforez yöntemi ile domates ve biberde yaprak lekesi etmeni (Xanthomonas Axonopodis pv.Vesicatoria)'nın genom büyüklüğünün saptanması ve fiziksel haritasının oluşturulması

Abstract

Bu çalışmada, Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria' nın genom büyüklüğü ve bir başlangıç fiziksel haritası pulsed -field jel elektroforez (PFGE) ve az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleriyle tanımlanmıştır. 32 az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleri farklı kesim koşulları altında X. a. vesicatoria' nın kromozomundan büyük DNA fragmentleri oluşturmak amacıyla test edilmiştir ve PFGE ile bu fragmentlerin ayrılması amacıyla farklı yürütme programları kullanılmıştır. Spe I (5' -ACTAGT- 3'), Pac I (5' -TTAATTAA- 3'), Swa I (5' - ATTTAAAT- 3') ve Ase I (5' -ATTAAT- 3') enzimleri 6 ile 30 adet DNA fragmentleri oluşturmuşlar ve optimum koşullar altında ayrılmışlardır. Her bir ırkın genomik büyüklüğü PFGE ile ayrılan DNA fragmentlerinin büyüklükleri toplanarak tespit edilmiştir ve ırka bağlı olarak büyüklükler 4000 kb' den 5000 kb' ye kadar değişmiştir. Spe I, Pac I ve Swa I enzimlerinin oluşturduğu fragmentler X. a. vesicatoria XvP26' in fiziksel haritasının oluşturulması için kullanılmıştır. XvP26 ırkının genom büyüklüğü Spe I, Pac I ve Swa I enzimleri kullanılarak 5055 kb olarak tespit edilmiştir, hrp, avrBs2, pig ve avrRxv gen lokusları Spe I, Pac I ve Swa I ile kesilen ve PFGE ile ayrılan DNA fragmentleri üzerine Southern hibridizasyon tekniği ile bu genlerin yerleri belirlenmiştir.