Afyonkarahisar ili patates alanlarında kuru çürüklük hastalığı etmeni Fusarium türlerinin moleküler tanılaması

Abstract

İnsan beslenmesinde önemli bir yere sahip olan patates bitkisi (Solanum tuberosum L.) Solanaceae familyası içerisinde yer almaktadır. Patatesin gen merkezi Güney Amerika olmasına rağmen yüksek adaptasyonu ve verimi nedeniyle günümüzde tüm dünyada yetiştiriciliği yapılmaktadır.Türkiye'de Afyonkarahisar ili, patates üretim miktarı olarak Niğde ve Konya illerinden sonra 3. sırada bulunmaktadır. Hasat sonrası ve depolama sırasında önemli kayıplara neden olan etmeni Fusarium cinsi içindeki türlerin sebep olduğu kuru çürüklük hastalığı patatesin önemli fungal hastalıklarından birisidir. Bu çalışmada; ülkemizin önemli patates üretim alanlarından Afyonkarahisar ilinde bulunan kuru çürüklük etmeni Fusarium türlerinin teşhislerinin yapılması ve yaygınlıklarının tespit edilmesi amaçlanmıştır.Bu amaçla Afyonkarahisar ilinin Sandıklı, Şuhut, Dinar, Merkez ve Bolvadin ilçelerinde bulunan depolama alanlarından kuru çürüklük belirtisi gösteren patates yumruları toplanarak fungus izolasyonları yapılmıştır. Hastalıklı yumrulardan elde edilen 32 Fusarium izolatının İnternal Transcribed Spacer (ITS) ve Elongatin Factor (EF) gen bölgeleri Polymeraze Zincir Reaksiyonlarında (PCR)sırası ile ITS1/ITS4 ve EF1/EF2 primerleri ile çoğaltılarak bu bölgelerin DNA dizilimleri çıkartılmıştır. Patates izolatlarının ITS ve EF bölgelerinin DNA dizilimleri Genbankta bulunan izolatlarla NCBI BLAST analizlerinde karşılaştırılarak ve filogenetik analizleri yapılarak fungusun Afyonkarahisar patates depo alanlarındaki türlerinin tespit ve teşhisi yapılmıştır. Hem DNA dizilim analizleri hemde filogenetik analizler Afyonkarahisar ilinin 5 ilçesinden alınan32 izolattan 15'inin Fusarium oxysporum (%47), 8'inin Fusarium solani(%25), 5'ininFusarium sambucinum(%16) ve 4'ünün (%13) Fusarium graminearumtürleri olduğunu göstermiştir.İzolatların ITS ve EF bölgesi DNA dizilimleri birbirleri ile uyumlu bulunmuş ve Fusarium türlerini kesin olarak birbirinden ayırmışlardır. Her iki bölge DNA dizilimleriile yapılan filogenetik analizlerFusariumizolatlarının 4 farklı Fusarium türünden oluştuğunu ve bunların belirgin bir şekilde birbirinden ayrıldığını göstermiştir. Bunlardan F. sambucinum ve F. graminearum izolatlarının farklı ama birbirine yakın türler olduğu görülmüştür. EF bölgesi DNA dizilimlerinin filogentik analizi, Fusarium oxysporum izolatlarının birbirinden tamamıyle farklı iki grupta yer aldığını göstermiştir. Bu tez çalışmasında Afyonkarahisar ilinde bulunan patates depolarındaki kuru çürüklük hastalık etmeni Fusariumtürlerinin teşhisleri ve tanımları ilk defa moleküler yöntemler kullanılarak yapılmıştır