Tavuklarda yumurta ağırlığı ile ilişkili genlerin farklı büyüme eğrisi modelleri ile araştırılması

Abstract

Bu çalışmada amaç, tavuklarda yumurta ağırlığıyla ilişkili genlerin farklı büyüme eğrisi modelleri ile analiz edilmesidir. Çalışmada, 1063 tavuktan toplanan zamana dayalı (başlangıç, 28, 36, 56, 66, 72 ve 80 haftalık ) yumurta ağırlıklarının 294705 SNP ile olan ilişkisinin farklı büyüme eğrileri ile genomik analizleri gerçekleştirildi. Çalışmada ilk kez: üssel, güç, legendre polynomyalleri gibi büyüme eğrileri farklı kovaryans (oto regresif, ARMA, CS, heterojen faktör analitik, faktor analitik, Toeplitz, SAD gibi) yapıları ile denenerek yumurta ağırlığından sorumlu genomik bölgeler araştırılmıştır. Yapılan analizler sonucunda güç büyüme eğrisi ve heterojen faktör analitik kovaryans yapısı en iyi model seçilmiştir. Bu çalışmada ham veri (1063 tavuk, 294705 SNP), akrabalığa göre seçilen tabakalar(Akrabalık katsayı 0.1 için 1063 tavuk 294702 SNP; Akrabalık katsayısı 0.2 için 1063 tavuk 294699 SNP; Akrabalık katsayısı 0.3 için 1063 tavuk 294705 SNP; Akrabalık katsayısı 0.4 için 1063 tavuk 294700 SNP; Akrabalık katsayısı 0.5 için 1063 tavuk 294697 SNP; Akrabalık katsayısı 0.6 için 1063 tavuk 294692) kullanılarak hem genomik ilişki matrisi ile hem genomik ilişki matrisi yapmadan GEMMA programı ile LMM (Doğrusal karışık model) (Linear Mixed Model) ve tip 1 ve tip 2 hatayı engellemek için çoklu karşılaştırma testleri uygulanmıştır. Yapılan analizler sonucunda en güçlü genomik sinyaller DLEU7 genine yakın kromozom 1 üzerinde 36 haftalık yaştaki tavukların yumurta ağırlığı verilerinden alınmıştır. Bu çalışmadaki bulgular, marker destekli seleksiyon çalışmalarında ideal yumurta büyüklüğünün gelecekteki üretimi için önemli katkı sağlayabilir.