Domates bakteriyel kanser etmeni Clavibacter michiganenss, subsp. michiganensis ve domates bakteriyel yaprak lekesi etmeni Xanthomonas axonopodis pv. vescatoria’nın LNA PROBE’a dayalı REAL TIME PCR ile tanısı ve saptanması

Abstract

Bu çalışmada, Domates Bakteriyel Solgunluk ve Kanser hastalık etmeni Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) ve Domates ve Biber Bakteriyel Yaprak Lekesi hastalık etmeni Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria (Xav)' nin Real-Time PCR ile tanısı ve Real-Time Bio-PCR ile tohumdan ve hastalıklı bitki dokulardan tespitini gerçekleştirmek için hassas ve seçici bir Real-Time PCR yöntemi geliştirilmiştir.Geliştirilen Real-Time PCR yöntemine uygun yeni primer ve probe setinin hassasiyeti farklı Cmm ve Xav strainlerine, farklı cins ve türe ait bitki patojeni bakterilere ve domates ve biber genomik DNA' sına karşı test edilmiştir. 73 bp' lik PCR ürünü tüm Cmm strainlerinden, 69 bp'lik PCR ürünü ise tüm Xav strainlerinden çoğaltılabilirken, Cmm ve Xav olmayan diğer bakteri strainlerinden ve domates ile biber genomik DNA' sından çoğaltılamamıştır. Geliştirilen TaqMan Real-Time PCR yönteminin Cmm ve Xav için direkt bakteriyel süspansiyondan tespitindeki hassasiyet limitleri sırası ile 1 cfu/ml ve 2 cfu/ml , saf genomik DNA' dan ise her iki patojen için 10 pg olarak bulunmuştur. Real-Time PCR yönteminin Cmm ve Xav' nin tohumdan tespitindeki hassasiyet limitleri ise sırası ile 1 cfu/ml ve 2 cfu/ml olarak bulunmuştur. Cmm ve Xav' nin içsel dizi kontrolünün sağlanması için LNA probu kullanılarak geliştirilen bu Real-Time PCR yöntemi seçici hassas ve tekrarlanabilir bir yöntemdir. Bu yöntem Cmm ve Xav' nin hastalıklı bitki dokularından ve tohumlardan hızlı ve hassas bir şekilde tanısında ve tespitinde yaygın olarak kullanılabilecektir.