Kıl, Honamlı, Karakulak ve Norduz keçilerinde majör doku uygunluk kompleksi (MHC) ile ilişkili lokuslar kullanılarak genetik çeşitliliğin belirlenmesi

Abstract

Majör Doku Uygunluk Kompleksi (MHC) omurgalılarda doğal ve kazanılmış bağışıklık sisteminde önemli rol oynar. Bu çalışmada Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan Kıl (KIL), Honamlı (HNM), Kabakulak (KBK) ve Norduz (NRD) keçilerinde tüberküloza direnç, ısıya tolerans ve genetik çeşitlilik MHC'ne bağlı lokuslar kullanılarak değerlendirilmiştir. Ayrıca MHC'ne bağlı lokuslar kullanılarak keçi populasyonları arasındaki filogenetik ilişki incelenmiştir. Tüberküloza direnç ve ısıya tolerans ile ilişkili MHC sınıf II DRB bölgesi üzerindeki polimorfizmlerin belirlenmesi için PCR-RFLP yöntemi kullanılmıştır. Genetik çeşitliliğin belirlenmesinde MHC geni üzerindeki beş farklı Mikrosatellit lokus kullanılmıştır. PCR-RFLP analizleri sonuçlarına göre Türkiye'de yetiştirilen KIL, HNM, KBK ve NRD keçilerinde MHC sınıf II DRB geni üzerinde Tüberküloza direnç (genotip pp - PstI ve genotip Tt - TaqI) ve ısıya tolerans ile ilişkili (genotip AA - BsaHI) genotipler değişen frekanslarda belirlenmiştir. Ancak çalışılan keçilerde ısıya tolerans ile ilişkili GG, GC ve CC (AluI) genotipleri tespit edilememiştir. Çalışmada elde edilen sonuçlar, KIL, HNM, KBK ve NRD keçilerinde MHC sınıf II DRB geni üzerindeki PstI ve TaqI polimorfizmlerinin tüberküloz için Marker Destekli Seleksiyon (MAS) çalışmalarında kullanılabileceğini göstermektedir. Isıya tolerans için ise BsaHI polimorfizminin kullanılabileceği ancak AluI polimorfizminin MAS çalışmaları için uygun olmadığı anlaşılmaktadır. Tüm mikrosatellit lokusların polimorfik bulunduğu çalışmada, ortalama allel sayısı 8.20 (NRD) ile 8.80 (KIL ve KBK) aralığında, ortalama gözlenen heterozigotluk 0.68 (NRD) ile 0.80 (KBK) aralığında ve akrabalı yetiştirme katsayısı -0.017 (KBK) ile 0.13 (HNM) aralığında değişmiştir. Moleküler varyans analizi (AMOVA) toplam genetik varyasyonun % 8.62'sinin populasyonlar arasındaki farklılıklardan kaynaklandığını göstermiştir. Keçi populasyonları arasında genetik farklılaşma (ikişerli FST katsayıları) 0.01 ( KIL-KBK ve HNM-KBK arasında) ile 0.19 (HNM-NRD ve NRD-KBK arasında) değişmiştir. Filogenetik analizlere göre çalışılan populasyonların (UPGMA dendogramı, FCA ve Structure analizi) iki grupta kümelendiği gözlemlenmiştir. KIL, HNM ve KBK birinci grupta yer alırken, ikinci grup NRD keçilerinden oluşmuştur. Sonuç olarak Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan KIL, HNM, KBK ve NRD keçilerinde MHC'ne bağlı lokuslarda yüksek genetik çeşitlilik ve düşük akrabalık tespit edilmiştir. Ayrıca KIL, KBK ve HNM keçilerinde ilgili lokuslar için genetik farklılık belirlenememiştir. Bu çalışmada elde edilen bulgular KIL, HNM, KBK ve NRD keçilerinde adaptif bağışıklık özellikleri üzerine ileride yapılması muhtemel ıslah çalışmaları için büyük potansiyel olduğunu göstermektedir.