CRISPR/dCas9 ile pankreatik transkripsiyon faktörü Pdx1 geninin aktivasyon bölgelerinin belirlenmesi

Abstract

Diabetes mellitus (DM), insülin hormonunun yokluğundan ya da bu hormonun etkisindeki yetersizlik sonucu oluşan metabolik bir hastalıktır. Pankreasın oluşması ve beta hücresinin farklılaşması sırasında rol oynayan birçok gen olduğu bilinmektedir. Bu genler arasında Pdx1 geni; pankreasın oluşmasında, beta hücre farklılaşmasında ve bu hücrelerin hayatta kalmasında kritik bir role sahiptir. Bu genin düzenlenmesi için pek çok yöntem kullanılmaktadır. Bunların arasında son dönemlerde en çok kullanılan yöntem; bakterilerin immün yanıtta kullandıkları CRISPR/Cas9 sistemidir. Bu sistem, hedef gende istenilen düzenlemelerin yapılmasını sağlar. CRISPR/Cas9 sisteminde; Cas9 proteinindeki mutasyonla elde edilen CRISPR/dCas9 sistem gende düzenleme yapılmasına olanak tanır. Bu sistem; hedef gende mutasyon yapmadan, genin ekspresyonunun artmasını (aktivasyon) ya da azalmasını (represyon) sağlar. Ancak bu sistemin çalışabilmesi için dCas9 proteinine bir aktivatör domain (genin ekspresyonunun artması için) ya da baskılayıcı bir domainin bağlanması gerekir. CRISPR/dCas9-VPR sistemi memelilerde istenilen genin aktivasyonunda kullanılan sistemdir. Yaptığımız bu çalışmadaki amacımız; CRISPR/dCas9-VPR sistemi kullanarak Pdx1 geninin aktivasyonunu arttırmayı sağlamaktı. Sonuç olarak; CRISPR/dCas9-VPR sistemi kullanılarak Pdx1 geninin proksimal promoter bölgesinde bu geninin aktivasyonunu sağlayan önemli bölgeler belirlendi.