Domates lekeli solgunluk virüs hastalığına karşı dayanıklılığı kıran TSWV (Tomato Spotted Wild Virus) izolatının moleküler karakterizasyonu

Abstract

Domateste lekeli solgunluk virüsü (Tomato spotted wilt virus ) (TSWV), dünya çapında en yaygın görülen ve ekonomik olarak önemli zararlara neden olan thrips vektörleri ile hızla yayılan virüslerden biridir. Son zamanlara kadar domateste Sw-5 ve biberde Tsw genleri aracılığı ile dayanıklılık sağlanmaktadır. Fakat günümüzde Sw-5 ve Tsw dayanımı bulunan çeşitler üzerinde TSWV enfeksiyonlarının meydana gelmesi ile birlikte dünyanın birçok bölgesinde bu hastalıklara karşı dayanıklılığın kırıldığı rapor edilmiştir. Ülkemizde de dayanıklılığın kırıldığının belirlenmesi üzerine bu çalışma planlanmıştır. Yapılan tez çalışmasında Türkiye-Antalya bölgesine ait dayanıklılığı kıran TSWV izolatının (TSWVAntRB) tüm genom dizilimleri çıkarılarak bu izolatın dünya izolatları içerisindeki yeri filogenetik analizler ile belirlenmiş ve dayanıklılığı kıran izolatın üstünde Sw-5 dayanımı kıran mutasyon belirlenmiştir. TSWV'de meydana gelen mutasyonları anlamak amacıyla tüm genomu çıkarılarak dayanıklılığı kıran ve kırmayan izolatlar ile kıyaslaması yapılmış ve farklılıkları belirlenmeye çalışılmıştır. TSWV genomu üç parçalı segmentli bir yapıdan oluşmaktadır. Large segmentleri-8913 nt, Medium-4752 nt ve Small-2924 nt uzunluğundaki bölgeler RT-PCR tekniği ile çoğaltılmış sekans dizileri elde edilmiş gen dizileri üzerinde protein sentezi yapan açık okuma bölgeleri belirlenmiş bu bölgelerde nükleotid aminoasit ve protein düzeyinde farklılıklar ortaya konulmuştur. TSWVAntRB izolatının Medium segmentine ait nükleotid, aminoasit ve protein bazında yapılan eşleştirmelerde bu izolatın (non-structural protein) (NSm) NSm alanındaki bu bölge hücreden hücreye geçişten sorumlu olan alan üzerinde C118Y noktasında bir mutasyon meydana geldiği ve bu mutasyon sebebiyle de dayanıklılık durumunun ortadan kalktığı belirlenmiştir. Ayrıca M ve S segmenti ile yapılan gen dizi karşılaştırmalarında bölgemizde dayanıklılığı kıran izolatın (TSWVAntRB) İspanya'da dayanıklılığı kıran izolatlar ile %99 oranında benzerlik göstermiştir. Yapılan filogenetik analizlerde aynı kökende olduklarını ve aynı yerde dallanma yaptığı belirlenmiştir. Filogenetik analizlere bize Avrupa'daki dayanıklılığı kıran izolat ile ülkemizde dayanıklılığı kıran izolat TSWVAntRB aynı kökenden geldiğini göstermiştir.