Zeytin (Olea europaea L.) dal kanseri hastalık etmeni Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi’nin kantitatif real-time membran BIO-PCR ile tanısı ve epifitik popülasyonun tespiti

Abstract

Bu çalışmada zeytin yetiştiriciliğinde ekonomik açıdan önemli kalite ve ürün kayıplarına neden olan Zeytin Dal Kanseri hastalık etmeni Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi'ye özel dizayn edilen primer seti ve LNA (Locked Nucleic Acid) prob kullanılarak geliştirilen hassas ve seçici Real-Time PCR yöntemi ile tanıları ve tespitleri yapılmıştır. Real-Time PCR yöntemi için Indoleacetate-lysine ligase (iaaL) gen dizisi kullanılarak Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi'ye özel primer seti ve prob geliştirilmiştir. Geliştirilen primer ve prob setlerinin spesifikliğinin belirlenmesi amacıyla Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatları ve farklı bitki patojeni bakteriyel izolatlar ve zeytin DNA'sı test edilmiştir. Test edilen tüm yerli ve yabancı Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi izolatlarında 69 bp'lik amplifikasyon gerçekleşirken, farklı bitki patojeni bakterilerin genomlarında ve zeytin genomik DNA'sında hiçbir amplifikasyon tespit edilmemiştir. Bu çalışmada geliştirilen yöntemin bakteriyel hücre hassasiyet sınırı 2 hücre ve DNA düzeyindeki hasasiyet sınırı ise 11.8 pg olarak tespit edilmiştir. Epifitik populasyon içerisindeki sadece canlı Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi'leri tespit etmek ve değişimleri kantitatif olarak belirlemek amacıyla Kantitatif Real-Time Membran Bio-PCR yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntem ile Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi'nin zeytin ağaçları üzerindeki epifitik popülasyon oranı tespit edilebilmiştir. Yöntemin, farklı bölgelerde veya aynı bölgede farklı zamanlarda uygulanmasıyla epifitik popülasyonlarının değişim oranlarının tespit edilebilmesine olanak sağlamıştır. Sonuç olarak, Kantitatif Real-Time Membran Bio-PCR yöntemini kullanarak Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi'nin hem bakteriyel hücreden hem de hastalıklı bitki dokularından hızlı (24 dk) ve hassas bir düzeyde tanı ve tespitlerinin yapılabileceği, epifitik popülasyonun ve bu popülasyonun içierisindeki sadece canlı bakterilerin kantitatif olarak tespit edilebileceği ortaya konulmuştur.