Susam genetik stokunun Phyllody hastalığına karşı dayanıklılık bakımından taranması ve moleküler analizi

Abstract

Bu çalışma, 542 susam genotipinin phyllody hastalığına karşı dayanıklılık bakımından taranması ve moleküler tekniklerle incelenmesi amacıyla 2012, 2013 ve 2014 yıllarında Antalya'da yürütülmüştür. Genotipler araziye augmented deneme deseninde iki yıl süresince ekilmiş ve phyllody hastalığının tarlada gözlemleri alınarak 1-5 sklasına göre değerlendirilmiştir. Tarlada potansiyel dayanıklı olarak belirlenen genotipler serada bir kez daha testlenerek, dayanıklılık doğrulanmıştır. Tarla ve sera koşullarındaki denemelerden hastalıklı ve sağlıklı bitkilerden yaprak ve doku örnekleri alınarak DNA izole edilmiştir. DNA örnekleri doğrudan, nested ve real-time PCR yöntemleriyle analiz edilmiştir. Doğrudan PCR yönteminde P1-P7 primerleri kullanılmış ve yaklaşık 1800 bp uzunluğunda ürün elde edilmiştir. Nested PCR yönteminde ise R16F2n- R16R2 ve Fu5-Ru3 primer çiftleri kullanılmış ve sırasıyla yaklaşık 1240 bp ve 880 bp ürünleri elde edilmiştir. Elde edilen PCR ürünlerinin sekans ve RFLP analizi yapılmış ve bu moleküler analizler sonucu phyllody hastalık etmeni olan fitoplazmalar sınıflandırılmıştır. Bu veriler ışığında pigeon pea witches'-broom (16SrIX-C) ve peanut witches'-broom (16SrII-D) gruplarına ait fitoplazmaların bölgemizde phyllody hastalığına sebep olduğu belirlenmiştir. Daha sonra sekanslardan elde edilen DNA dizilimine göre primer ve probelar dizayn edilerek real-time PCR yöntemi ile hastalık etmeni ırkının hangi grubuna ait olduğu hızlı ve pratik yolla belirlenmiştir. Antalya koşullarında phyllody hastalığını yayan böceğin Orosius orientalis olduğu tespit edilmiş ve bu hastalık vektör böcek yardımıyla ve aşılama yöntemiyle sağlıklı bitkilere başarılı şekilde aktarılmıştır. Sonuç olarak, incelenen 542 susam genotipinden ACS38 ve ACS102 genotiplerinin hastalık etmenine karşı dayanıklı oldukları saptanmıştır.