Küçük molekül ağırlıklı sıçan idrar proteinlerinin karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışma, Wistar tipi erkek sıçanın idrarında bulunan düşük molekül ağırlıklı proteinlerin ve bunların izoformlarının araştırılması amacıyla yapılmıştır. Deneyler için 2 adet sağlıklı erkek Wistar sıçanı kullanılmıştır. Sıçan idrarlarında bulunan proteinler iki boyutlu jel elektroforezi yöntemiyle birbirlerinden ayrılarak saflaştırılmıştır. İdrar örneklerinde bulunan düşük molekül ağırlıklı proteinlerden iki boyutlu jellerde görünür hale getirilebilen 29 adet spot tanımlanmıştır. Bunların tanımlanması için MALDI-TOF-kütle spektrometri yöntemi kullanılmıştır. Kütle ölçümleriyle her bir spot için peptid kütle parmak izi (PMF) spektrumları elde edilmiştir. Spektrumlardan yararlanarak bir protein veri tabanı olan Mascot?ta taramalar sonucunda, spotlarda bulunan proteinler tanımlanmıştır. 19 spot ?2u-globulin, diğer 10 spot çeşitli proteinler ile eşleşerek sonuç vermiştir. Proteinlerin büyük bir çoğunluğu ?2u-globulin proteini ile eşleştiğinden dolayı, bunların sahip olabilecekleri sekans dizileri araştırılmıştır. Bu araştırma için NCBI (National Center for Biotechnology Information) veri tabanı kullanılmıştır. Bu veri tabanında, ?2u-globulin proteini için verilmiş olan ve aminoasit farklılıkları bulunan 15 adet kayıtın sekans dizilerine göre, spotların hangi sekansla eşleştiği araştırılarak tespit edilmeye çalışılmıştır. Spektrumlarda tespit edilen peptid piklerine göre farklı sekanslar arasından her bir spotun olası protein izoformları için ayırım yapılabilmiştir. Birçok spotun PMF sonuçları ile seçilmiş peptidleri alınan MS-MS sonuçları ile de desteklenmiştir.