Batı Akdeniz Bölgesinde domates bakteriyel öz nekrozu hastalığına sebep olan Pseudomonas Corrugata ve Pseudomonas mediterranea izolatlarının elde edilmesi, MUTIPLEX-PCR ve REAL TIME PCR (RT-PCR) ile hızlı tanıları

Abstract

Batı Akdeniz Bölgesinde önemli bir tarım ürünü olan domates bitkisinde ciddi ekonomik kayıplara yol açan domates öz nekrozu hastalığına sebep olan Pseudomonas corrugata ve Pseudomonas mediterranea' nm izolatları elde edilmiş. Multiplex-PCR ve Real- Time PCR yöntemleriyle kesin ve hızlı tanıları gerçekleştirilmiştir. Batı Akdeniz Bölgesinde domates yetiştiriciliği bakımından önemli bir potansiyele sahip olan Antalya ili ve çevresine (Aksu, Serik, Manavgat, Alanya, Gazipaşa, Finike ve Kumluca) yapılan sörveylerle öz nekrozu hastalığı simptomları gösteren domates bitki materyalleri toplanmıştır. Hastalıklı bitki materyallerinden bakterilerin izolasyonlarında Nutrient Agar (NA) ve King's B besi ortamları kullanılmış ve 27 °C de 3-5 gün inkübasyona bırakılarak bakteriyel koloniler elde edilmiştir. Hastalık etmeni bakterilerin tanısı, Nutrient Sakkaroz Agar (NSA) ortamında levan oluşumu, oksidaz testi, patates testi, arginini dihidrolaz testi ve tütünde hypersensitif reaksiyon testini içeren LOPAT testleri uygulanmıştır. Biyokimyasal testlerle tanısı yapılan hastalık etmenlerinin patojenisite testleri sağlıklı domates bitkileri kullanılarak yapılmıştır.Pseudomonas corrugata izolatlarının kesin tanılan PC5-I ve PC5-II primerleri, Pseudomonas mediterranea izolatlarının kesin tanılan ise PC1-I ve PCI-II primerleri kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemiyle yapılmıştır. P. corrugata ve P. meditteraned' nm hızlı tanılan Multiplex-PCR ve Real-Time PCR teknikleriyle yapılmıştır. Bu çalışmada geliştirilen Multiplex-PCR ve Real-Time-PCR yöntemleriyle patojen bakterilerin moleküler tanılan, hem direkt P. corrugata ve P. mediterranea hücrelerinden hem de hastalıklı bitki dokularından sağlanmıştır. Optimizasyon çalışmalan sonucunda elde edilen Real-Time PCR yöntemiyle P. corrugata ve P. Mediterranea'nın moleküler düzeyde tespitleri sırasıyla 1.8x1 02 hücre/ml ve 1.6x1 02 hücre/ml hassasiyette ve çok kısa sürede (30-45 dakika) yapılabilmiştir.