Bazı pamuk (Gossypium SPP.) çeşitlerinin mikrosatelit DNA parmak izlerinin belirlenmesi

Abstract

Bu çalışmada Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan 36 pamuk çeşidi içerisinde ve arasındaki genetik ilişkilerin, morfolojik-agronomik ve Basit Tekrar Sekansları Polimorfizm (BSTP) DNA markır sistemleriyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmalar Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü deneme alanlarında ve Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Laboratuvarlarında 2002-2003 yılları arasında yürütülmüştür. Pamuk çeşitleri arasında ve her bir çeşit içerisindeki genetik karışımı belirlemek için 17 morfolojik ve agronomik özellik ölçülmüş ve değerlendirilmiştir. Morfolojik ve agronomik özelliklere ait bilgiler bitkilerin değişik gelişme dönemlerinde elde edildikten sonra Duncan grup testi ile değerlendirilmiştir. Moleküler çalışmalar için en uygun DNA ekstraksiyon metodu ve Basit Tekrar Sekansları Polimorfizmi-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (BTSP-PZR) parametreleri saptanmıştır. DNA ekstraksiyonu için CTAB yöntemi modifiye edilmiş ve BTSP-PZR analizleri için konsantrasyonlar optimum 80 ng genomik DNA, 2.5 mM MgCl2, 0.2 mM deoksiribonükleotidtrifosfatlar (dNTP), 0.4 uM primer çifti, 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCI, 0.096% Nonident P40 ve 1 ünite Taq (Thermus aquaticus) DNA polimeraz (20 mM Tris-HCI, pH 8.0, 100 mM KCI, 0.1 mM EDTA pH 8.0, %0.5 Tween 20, %50 gliserol ve %0.5 Igepal CA-630 içeren saklama solüsyonundan) olarak belirlenmiştir. Çalışılan pamuk çeşitlerinin bazılarının saf olmadığı morfolojik gözlemlerle belirlenmiştir. Karışımı minumuma indirmek amacıyla morfolojik olarak benzerlikgösteren çeşitler içerisindeki bireylerden elde edilen genomik DNA'lara ait BTSP-PZR bantlarının varlığı veya yokluğuna göre aileler belirlenmiş ve Neighbor Joining (NJ) metodu yardımıyla PAUP*4.0 programı kullanılarak çeşitler arasındaki genetik ilişkiler saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışmada BTSP tekniği ve morfolojik-agronomik özelliklerin değerlendirilmesi sonuçlarına dayanılarak Türk pamuk çeşitlerinin genetik temellerinin oldukça dar olduğu, bazı çeşitlerde fiziksel ve genetik karışımın bulunduğu anlaşılmıştır. Çalışmada kullanılan Türk pamuk çeşitlerinin daha kapsamlı bir şekilde değerlendirilmesi için daha fazla sayıda BTSP primer çiftleriyle çalışmaların yapılmasına gereksinim olduğu saptanmıştır.