Türkiye'deki erwinia amylovora izolatlarının elde edilmesi ve bu izolatların, patolojik, biyokimyasal ve moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışmayla Türkiye' de ilk defa ateş yanıklığı etmeni Erwinia amylovora' nın moleküler açıdan detaylı olarak tanısı ve karakterizasyonu yapılmıştır. Armut, elma, ayva, muşmula, yeni dünya ve Rosaceae familyasına ait diğer bitki plantasyonlarının yoğun olduğu Türkiye' nin farklı coğrafîk bölgelerinden tespit edilen illerdeki ve çevre ilçelerindeki bitkilerden ateş yanıklığı simptomu taşıyan bitki örneklerinden izolasyonlar yapıldıktan sonra, yan selektif besi ortamları olan MS (Miller ve Scroth 1972) ve NSA (Nütrient Sakkaroz Agar) ortamlarına bakterilerin çizimleri yapılmış, 21 C de 48 saat inkübasyona bırakılarak E. amylovora' ya özel koloniler elde edilmiştir. Hastalık etmeninin tanısı ile ilgili olarak ham armut, tütünde hipersensitif reaksiyon ve sürgün inokulasyonları testlerini içeren patojenisite testleri yapılmıştır. Patojenisite testlerinden ham armut testinde ooze oluşumu, tütün yaprağında hipersensitif reaksiyon oluşumu ve taze armut bitkisi sürgünlerinde patojene özel yanıklık şeklinde hastalık belirtileri saptanmıştır. Patojenin biyokimyasal olarak tanılanmasında; katalaz testi, oksidaz testi, nitrattan nitrit üretimi testi, asetoin oluşumu testi, indol üretimi testi, hidrojen sülfit testi, nişastanın parçalanması testi, sakkarozdan indirgenen maddeler testi, sıcaklığa hassasiyet testi, %5 NaCF ye tolerans testi, pektinaz aktivitesi testi, King' s B besi ortamının kullanımı, KOH testi ve jelatinin hidrolizi testi uygulanmıştır. Elde edilen tüm sonuçlar 'Bergey' s Manual of Systematic Bacteriology' ile paralellik göstermiştir.Armut, elma, ayva, muşmula, yeni dünya ve diğer Rosaceae familyası bitkilerinden elde edilen E. amylovora izolatlarına patolojik ve biyokimyasal testler uygulandıktan sonra tüm izolatların moleküler düzeyde kesin tanılarının yapılması amacıyla PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) tekniği kullanılmıştır. Patojenik bakterinin polisakkarit üretiminden sorumlu olan ve kromozomal DNA üzerinde bulunan ams geninin (1.6 kb) çoğaltılması ile E. amylovora izolatlarının kesin tanısı yapılmıştır. Elde edilen ve kesin tanılan tamamlanmış olan E. amylovora izolatlarının plazmid profillerinin belirlenmesi aşamasında tüm izolatların yaklaşık 30 kb' lik bir plazmid DNA içerdikleri saptanmıştır. Kesin tanılan tamamlanmış olan£. amylovora izolatları 10 mer' lik 6 değişik primerle test edilmiştir. Bu primerlerden CUGEA-1 (5'-TCGCCAGCGA-3') primeri, diğer test edilen 5 primere göre, 13 adet RAPD-DNA fragmenti oluşturduğu için E. amylovora izolatlarının karakterizasyonunu ve farklılıklarını ortaya çıkarmada faydalı olmuştur. SDS-PAGE yöntemi ile hücre proteinlerinin elektroforetik karakterizasyonu bakımından önemli fark bulunamamıştır.